Ο πρώτος Ιερός Ναός του Αγίου Νεκταρίου Κηπουπόλεως άρχισε να λειτουργεί το 1984 σε οικία, η οποία αγοράστηκε με δαπάνη της Ιεράς Μητροπόλεως Περιστερίου.

Το 1991 αγοράστηκε από την Ιερά Μητρόπολη Περιστερίου παρακείμενο οικόπεδο στο οποίο ανεγέρθηκε ο νέος περικαλλής ναός.